1、不分用途地混合貯藏。一些農戶仍按過去的習慣，一家只有一個窖，食用薯、商品薯、種薯、加工薯等幾種用途的塊莖，或幾個不同品種的馬鈴薯，都貯藏在這一個窖內。這不僅造成品種的混雜和病害的傳播，影響種性，同時對食用薯品質和加工薯價值的保持不利，因而直接影響農戶的經濟效益。在貯藏過程中，只有滿足不同用途塊莖對貯藏條件的不同要求，才能達到貯藏的預期目的。
2、不能保證塊莖入窖質量。入窖質量即要求入窖個體完整，薯皮干燥、無腐爛及其他雜質等。可是秋收入窖時，農戶圖省事，不愿多用工，不經晾曬和挑選，使泥土與塊莖混合，并將潮濕淋雨的薯塊和凍、病、傷、爛的薯塊一起入窖。入窖時將馬鈴薯從窖口向窖內傾倒，把薯摔傷，或人在薯堆中踩踏，造成薯塊受傷等，嚴重影響了入窖質量。泥土多會造成濕度大，通氣不暢，同時還帶入各種病菌，特別是鐮刀菌干腐病病菌。病、爛薯塊入窖，直接把大量病菌接種在薯堆內，成為窖內發病的菌源；傷薯易于使真菌和細菌侵入，會導致病害的擴大蔓延；濕度大不僅能滿足病菌繁殖傳染條件，促進病害發展，同時也易于造成塊莖早期發芽，影響質量。
3、貯藏管理不當。許多農戶有“自然管理”的習慣，即天冷封窖后，在貯藏期間不檢查，不調整溫度和濕度，不通風換氣，以至于春季開窖時出現凍窖、爛窖、傷熱、發芽和黑心等現象，造成重大經濟損失。還有的只注意保溫怕凍，一冬都不通氣，薯塊呼吸產生的大量二氧化碳氣體得不到排除，使薯塊的正常呼吸受到阻礙，芽子被窒息，以至影響出苗，甚至春季開窖后，也不通風換氣，人就進入窖內，造成入窖人窒息的事故。
現代化和半現代化（土洋結合時）薯窖貯藏者，由于對馬鈴薯貯藏條件的要求了解不足，所以，入窖庫存量太大，垛太高，垛得太緊通氣空隙少而小，特別是對溫、濕度掌握得不好，為貯藏病害發病創造了條件；春季窖溫過高，使種薯出芽過早等，因而降低了貯藏質量。
4、貯藏窖建造不科學。有的選址不當，在地下水位高處建窖，造成窖內濕度大，甚至出水；或薯窖背陰，正對風口，容易出現凍窖。有的窖建造得太淺，頂部覆土薄，薯塊上部接近凍層，也易造成凍窖。還有的沒有通風孔道，或通風孔道設置得不合理，因而無法調節窖內溫、濕度，更無法通進新鮮空氣，以至使所貯薯塊損害。
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